จระเข้เฉือนใช้ระบบขับเคลื่อนไฮดรอลิก กลไกหลักเกี่ยวข้องกับปั๊มไฮดรอลิกที่สร้างแรงดันเพื่อกระตุ้นกระบอกไฮดรอลิก ดังนั้นจึงสร้างแรงเฉือนตามแรงงัด ในระหว่างการทำงาน อุปกรณ์จับยึดจะยึดวัสดุโลหะให้เข้าที่ก่อน ต่อมา กระบอกแรงดันหลักจะขับเคลื่อนใบมีดที่กำลังเคลื่อนที่ (ใบมีดด้านบน) ไปยังใบมีดที่อยู่นิ่ง (ใบมีดด้านล่าง) เพื่อแยกโลหะออกด้วยแรงเฉือนอันมหาศาล เครื่องจักรนี้ตั้งชื่อตามลักษณะการทำงานของโครงสร้างที่คล้ายกับการเปิดและปิดของปากจระเข้
กรรไกรตัดจระเข้มีโหมดการทำงานสามโหมด: การปรับขนาดแบบกึ่งอัตโนมัติ และแบบอัตโนมัติเต็มรูปแบบ ในโหมด Inching ต้องกดปุ่มตัดค้างไว้อย่างต่อเนื่องเพื่อให้เครื่องทำงาน ในโหมดกึ่งอัตโนมัติ การกดปุ่มเพียงครั้งเดียวจะทำให้เกิดการตัดเฉือนครบหนึ่งรอบ ในโหมดอัตโนมัติเต็มรูปแบบ เครื่องจักรจะทำงานอย่างต่อเนื่องโดยไม่ต้องกดปุ่ม วนโดยอัตโนมัติตามลำดับของการหนีบ (อุปกรณ์กดลง) การตัด (ใบมีดเคลื่อนลง) การปล่อย (อุปกรณ์กดค้างไว้และถอนใบมีด) และการจับยึดใหม่
เมื่อเปรียบเทียบกับกรรไกรที่ขับเคลื่อนด้วยกลไก ระบบไฮดรอลิกมีข้อดี เช่น ขนาดกะทัดรัด น้ำหนักเบา ความเฉื่อยต่ำ เสียงรบกวนต่ำ การทำงานที่ราบรื่น ใช้งานง่าย และการใช้งานการป้องกันโอเวอร์โหลดที่ง่ายดาย โมเดลขั้นสูงรวมวงจรที่ทำงานรวดเร็ว (เช่น การใช้ท่อร่วมวาล์วความเร็วสูง) เพื่อเพิ่มความเร็วในการตัด โดยเพิ่มอัตราการตัดจาก 8 เป็น 12 ครั้งต่อนาที โดยไม่เพิ่มกำลังมอเตอร์หรือการเคลื่อนที่ของปั๊ม จึงช่วยเพิ่มผลผลิต โดยทั่วไประบบไฮดรอลิกจะใช้คาร์ทริดจ์วาล์ว ซึ่งให้ประโยชน์ เช่น โครงสร้างที่เรียบง่าย ต้านทานการปนเปื้อน และเวลาตอบสนองที่รวดเร็ว
ผู้ปฏิบัติงานต้องมีสมาธิอย่างเต็มที่และรักษาร่างกายให้ห่างจากชิ้นส่วนที่เคลื่อนไหวของอุปกรณ์และบริเวณการตัด เพื่อป้องกันการบาดเจ็บจากการดีดกลับหรือการหักของวัสดุ ควรเลือกโหมดการทำงานที่เหมาะสมโดยพิจารณาจากรูปร่างและความเสถียรของวัสดุ และต้องหลีกเลี่ยงการกระทำที่เป็นอันตราย เช่น การดึงสิ่งของหรือการปรับเปลี่ยน ภายในช่วงการทำงานของเครื่อง
